1. Único
Em um mundo de 7 bilhões, nenhuma empresa terá o mesmo sistema. Feito sob medida para as suas necessidades, enquanto que os sistemas de prateleiras nunca vão conseguir suprir todas as necessidades do seu negócio. Isso pois sistemas de prateleiras são feitos para alcançar o maior número possível de clientes, então a solução proposta vai tentar as necessidades em comuns.
2. Integração com outros sistemas
Em determinado ponto sua empresa pode começar a utilizar diversos sistemas de empresas diferentes, serviços essenciais que não se conversam. Um sistema personalizado pode fazer conexão com qualquer outro serviço que forneça uma API/Webservice.
3. Flexibilidade
Em um sistema personalizado você pode modificar qualquer vírgula, cor, nome ou função presente. Além de ser escalonável, nunca ficará limitado por um plano/pacote.
4. Segurança
Onde estão seus dados? Serviços como o Facebook, por exemplo, ao aceitar os Termos de utilização você concorda que todos os dados inseridos na plataforma podem ser utilizados como eles desejarem. Isso também acontece quando falamos de sistemas de prateleiras, não como garantir que seus dados não estão sendo usados.